2000年10月，省政府批準(zhǔn)組建江蘇省疾病預(yù)防控制中心，是直屬省衛(wèi)健委的公益性事業(yè)單位，2002年3月來，增掛省衛(wèi)生檢測檢驗中心、省公共衛(wèi)生研究院?，F(xiàn)有江蘇路172號、邁皋橋122號兩處辦公區(qū)，下設(shè)部門（室、科、所）33個中業(yè)務(wù)科所20個、職能科所13個，編制695人，在職在編508人，碩士研究生以上學(xué)歷231人，高級技術(shù)職務(wù)249人，其中國務(wù)院特殊津貼2人，國家有突出貢獻(xiàn)中青年專家2人，省有突出貢獻(xiàn)中青年專家3人，省“333工程”人才17人。建有江蘇省國家突發(fā)急性傳染病防控隊、國家核和輻射突發(fā)事件衛(wèi)生應(yīng)急隊?，F(xiàn)有“十三五”科教強衛(wèi)工程創(chuàng)新平臺1個，重點學(xué)科1個，創(chuàng)新團(tuán)隊2個，重點人才3人；主持國家級、省部級課題167項中科技部國家重大專項1項，科技部863計劃1項，國家自然科學(xué)基金30項；獲各級各類科技獎148項；承擔(dān)或參研國家標(biāo)準(zhǔn)125項，發(fā)表論文4220篇，累計SCI收錄論文664篇中新英格蘭6篇、柳葉刀11篇，擁有軟件著作權(quán)81項、發(fā)明專利40項，實用新型專利40項，外觀設(shè)計3項，貢獻(xiàn)“強富美高”新江蘇建設(shè)大局。

中心堅持以習(xí)近平新時代中國特色社會主義思想為指導(dǎo)，在省委省政府和省衛(wèi)生健康委領(lǐng)導(dǎo)下，積極倡導(dǎo)“團(tuán)結(jié)、奮進(jìn)、求實、創(chuàng)新”疾控精神，履行疾病預(yù)防與控制、突發(fā)公共衛(wèi)生事件應(yīng)急處置等職能，有效應(yīng)對“非典”、新冠肺炎疫情，馳援5.12汶川特大地震抗震救災(zāi)工作，處置9.14湯山投毒、嬰幼兒毒奶粉、地溝油、小龍蝦事件，援助非洲塞拉利昂抗擊埃搏拉疫情，對口支援西藏拉薩、新疆伊犁和克州，保障北京奧運、上海世博會，高質(zhì)量推進(jìn)建設(shè)具有國際影響力的現(xiàn)代化疾控中心，服務(wù)“健康江蘇”，獲中央文明委“全國文明單位”，衛(wèi)生部等部委“抗震救災(zāi)醫(yī)藥衛(wèi)生先進(jìn)集體”，人社部等部委“埃搏拉出血熱疫情防控先進(jìn)集體”，國家衛(wèi)生健康委“全國疾病預(yù)防控制工作先進(jìn)集體”，原國家衛(wèi)生計生委、中華全國總工會“全國衛(wèi)生應(yīng)急技能競賽團(tuán)體一等獎”，中華全國總工會“全國五一勞動獎狀”等國家級、省部級表彰近200項。