廈門市中醫(yī)院創(chuàng)辦于1956年，2008年通過三級中醫(yī)醫(yī)院評審，2018年通過復(fù)評，編制床位1200張、開放床位1250張，現(xiàn)有建筑面積9.6萬平方米、二期規(guī)劃建筑面積7.4萬平方米，由總院、南區(qū)、禾祥東門診部組成。同時(shí)下轄江頭、金山、禾山、殿前4個(gè)社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)中心。近年年均門急診量(不含社區(qū))200萬人次，出院4.5萬人次。

　　2019年國家公立三級中醫(yī)醫(yī)院績效考核等級A級，全國排名66位，福建省排名首位。2020年艾力彼中國中醫(yī)醫(yī)院百強(qiáng)排名41位。是國家衛(wèi)生健康委建立健全現(xiàn)代醫(yī)院管理制度全國試點(diǎn)、福建省3家名優(yōu)中醫(yī)院建設(shè)單位之一。2020年成為福建省省級文明單位。

　　2017年由廈門市政府與北京中醫(yī)藥大學(xué)合作共建，成為北京中醫(yī)藥大學(xué)廈門醫(yī)院(第八臨床醫(yī)學(xué)院)，納入北京中醫(yī)藥大學(xué)直屬序列管理。同時(shí)是福建中醫(yī)藥大學(xué)附屬廈門中醫(yī)院、廈門大學(xué)醫(yī)學(xué)院臨床教學(xué)醫(yī)院、廈門醫(yī)學(xué)院教學(xué)醫(yī)院。為國家中醫(yī)住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地，國家中醫(yī)類別全科醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地，中華中醫(yī)藥學(xué)會(huì)中藥臨床藥師培訓(xùn)基地，國家藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)。

　　現(xiàn)有肝病科、兒科2個(gè)國家臨床重點(diǎn)?？?，中醫(yī)肝膽病學(xué)1個(gè)國家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科，肝病科、肛腸科、兒科、脾胃病科4個(gè)國家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)專科，骨傷科、風(fēng)濕病科2個(gè)國家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)?？平ㄔO(shè)單位。脾胃病科、風(fēng)濕病科、骨傷科、糖尿病科、針灸康復(fù)科5個(gè)省級醫(yī)療“創(chuàng)雙高”臨床重點(diǎn)?？?中醫(yī)類)建設(shè)項(xiàng)目。中西醫(yī)結(jié)合膽胰?？啤⒅形麽t(yī)結(jié)合骨關(guān)節(jié)病、中醫(yī)痔瘡?？啤⒅形麽t(yī)結(jié)合兒科、中藥臨床藥學(xué)、中醫(yī)護(hù)理、中醫(yī)眼科等10個(gè)省級重點(diǎn)專科。肛腸科、中西醫(yī)結(jié)合兒科、肝病科3個(gè)廈門市醫(yī)學(xué)領(lǐng)先學(xué)科。肝病科、兒科獲評艾力彼“中國中醫(yī)醫(yī)院最佳研究型專科”，肝病科、兒科、肛腸科、骨傷科、內(nèi)分泌科、脾胃病科、心血管科、針灸康復(fù)科獲評艾力彼“中國中醫(yī)醫(yī)院最佳臨床型專科”。

　　現(xiàn)有職工1905人，醫(yī)護(hù)比0.83，中醫(yī)類別職業(yè)醫(yī)師(含執(zhí)業(yè)助理醫(yī)師)占執(zhí)業(yè)醫(yī)師總數(shù)比例52.95%，中級衛(wèi)生專業(yè)技術(shù)人員515人、高級衛(wèi)生專業(yè)技術(shù)人員402人，博士30人、碩士389人。享受國務(wù)院特殊津貼專家5人，全國老中醫(yī)藥專家學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)繼承工作指導(dǎo)老師6人、繼承人11人，全國優(yōu)秀中醫(yī)臨床人才7人，全國中藥特色人才5人。福建省省級名中醫(yī)2人，省級中醫(yī)優(yōu)秀臨床人才9人，省級老中醫(yī)藥專家學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)繼承工作指導(dǎo)老師8人、繼承人18人，省級基層老中醫(yī)藥專家?guī)煶袔街笇?dǎo)老師9人、學(xué)員5人。廈門市優(yōu)秀中醫(yī)臨床后備人才38人。國家級學(xué)會(huì)主任委員1人(中華中醫(yī)藥學(xué)會(huì)中醫(yī)外科分會(huì))、國家級學(xué)會(huì)常委以上23人，省級學(xué)會(huì)主任委員3人(福建省中西醫(yī)結(jié)合學(xué)會(huì)肛腸分會(huì)、福建省中醫(yī)藥學(xué)會(huì)兒科分會(huì)、福建省中醫(yī)藥學(xué)會(huì)美容分會(huì))，省級學(xué)會(huì)常委以上23人。建有3個(gè)國家級名老中醫(yī)工作室，2個(gè)省級名老中醫(yī)工作室，6個(gè)市級名老中醫(yī)工作室。建有“國醫(yī)大師金世元傳承工作室”，福建省學(xué)術(shù)流派傳承建設(shè)項(xiàng)目“廈門康氏肝病學(xué)術(shù)流派傳承工作室”。通過院士工作指導(dǎo)平臺、名醫(yī)工作室及“雙主任制”等柔性引進(jìn)人才方式，聘任了陳可冀院士、中華中醫(yī)藥學(xué)會(huì)感染病分會(huì)主任委員谷曉紅教授、上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院瑞金醫(yī)院普外科主任彭承宏教授、國家中醫(yī)藥管理局熱敏灸重點(diǎn)研究室主任陳日新教授等11位頂級專家。

　　建有國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥防治傳染病重點(diǎn)研究室、福建省博士后創(chuàng)新實(shí)踐基地、北京中醫(yī)藥大學(xué)肝病、兒科、中醫(yī)外科3個(gè)IV級研究所、廈門市盆底動(dòng)力學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、分子病理實(shí)驗(yàn)室等科研平臺。中醫(yī)肛腸、中醫(yī)骨傷、中醫(yī)心血管、中醫(yī)腦血管、中醫(yī)肝病、中醫(yī)消化、中醫(yī)婦科、中醫(yī)兒科、中醫(yī)呼吸、中醫(yī)風(fēng)濕免疫、中西醫(yī)結(jié)合內(nèi)分泌、感染性疾病科、骨科、泌尿外科、普通外科、乳腺外科、耳鼻喉科17個(gè)專業(yè)具備開展藥物臨床試驗(yàn)資格，居福建省中醫(yī)系統(tǒng)首位、全省醫(yī)療機(jī)構(gòu)第3位。

　　2008年成為國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥國際交流與合作基地，2017年獲批國家中醫(yī)藥管理局對臺中醫(yī)培訓(xùn)交流基地建設(shè)項(xiàng)目。累計(jì)有來自亞洲、歐美20余個(gè)國家和港澳臺地區(qū)的外籍學(xué)者及華僑來醫(yī)院進(jìn)修學(xué)習(xí)。承辦14屆由國家中醫(yī)藥管理局和廈門市政府共同主辦的兩岸品牌會(huì)議——海峽兩岸中醫(yī)藥發(fā)展與合作研討會(huì)。舉辦對外(對臺)中醫(yī)適宜技術(shù)培訓(xùn)班累計(jì)80期，培訓(xùn)3000余人次，學(xué)員主要來自臺灣、香港，近年來逐步拓展到馬拉西亞、新加坡、菲律賓等東南亞國家，是中醫(yī)藥面向“一帶一路”國家交流傳播的重要窗口。